Munir diracun dalam penerbangan Garuda Indonesia GA-974 dari Jakarta menuju Amsterdam yang sempat transit di Singapura pada 7 September 2004. Sejumlah pengadilan telah dilakukan untuk mengadili pelaku pembunuhan Munir.
Dalam kasus ini, pengadilan telah menjatuhkan vonis 14 tahun penjara terhadap Pollycarpus Budihari Priyanto, pilot Garuda yang saat itu sedang cuti, sebagai pelaku pembunuhan Munir.
Sejumlah fakta persidangan juga menyebut adanya dugaan keterlibatan petinggi Badan Intelijen Negara (BIN) dalam kasus pembunuhan ini. Namun, pada 13 Desember 2008, mantan Deputi V BIN, Mayjen Purn Muchdi Purwoprandjono yang menjadi terdakwa dalam kasus ini divonis bebas dari segala dakwaan.
Menurut Suciwati, istri Munir, Presiden Jokowi pernah berjanji akan menuntaskan kasus Munir saat mengundang 22 pakar hukum dan HAM pada 22 September 2016 lalu.
