Unit Penyelenggara Bandara Kelas III Trunojoyo adalah instansi kepanjangan tangan Kementerian Perhubungan (Kemenhub) di Sumenep. Pesawat milik PT Airfast Indonesia melayani penerbangan perintis di jalur Sumenep-Surabaya dan sebaliknya sebanyak dua kali dalam sepekan.
Sejak 2015 hingga sekarang, Bandara Trunojoyo menjadi bagian dari jalur penerbangan pesawat perintis atau bersubsidi, yakni Sumenep-Surabaya (Bandara Juanda).
Sesuai data di Otoritas Bandara Trunojoyo, jumlah rata-rata penumpang pesawat perintis di jalur Sumenep-Surabaya dan sebaliknya sejak 2015 hingga sekarang minim, yakni pada kisaran 30-40 persen dari 15 kursi yang tersedia.
