Eceng gondok lanjut dia, memiliki sifat mudah tumbuh apalagi dalam kondisi ekstrem bisa bertahan di perairan yang kondisinya subur dan cocok. Hal ini menyebabkan eceng gondok menjadi tumbuhan invasif.
Invasif adalah spesies (hewan atau tumbuhan) yang bukan tempat aslinya, tumbuh secara luas sehingga menginvasi atau mempengaruhi kawasan atau tempat tersebut.
Hal inilah yang menjadikan Eceng gondok kerap dipandang sebagai gulma yakni tumbuhan yang kehadirannya tidak diinginkan atau jadi tumbuhan pengganggu.
Di beberapa perairan misalnya seperti danau atau waduk, keberadaan Eceng gondok dianggap sebagai tumbuhan pengganggu seperti di Danau Rawa Pening, Kabupaten Semarang, Jawa Tengah, Danau Limboto di Gorontalo, Danau Tempe di Sulawesi Selatan, dan danau-danau lain.
Eceng gondok juga jadi pengganggu di sejumlah waduk seperti Waduk Saguling, Waduk Jatiluhur dan lainnya.
