Salah satu peristiwa heroik yang dikenang adalah Pertempuran Lengkong pada 25 Januari 1946, yang mengorbankan Mayor Daan Mogot beserta tiga perwira dan 34 Taruna sebagai kusuma bangsa.
Selain itu, Taruna Militaire Academie juga turut serta dalam misi kemanusiaan internasional pertama di Indonesia melalui operasi POPDA (Panitia Urusan Pemulangan Jepang) dan APWI (Allied Prisoners of War and Internees).
Peristiwa bersejarah lainnya adalah keterlibatan Taruna M.A. Yogyakarta dalam pertempuran melawan pasukan Belanda pada Agresi Militer I tahun 1947 di Tempel dan Wates, serta pada Agresi Militer II tahun 1949 di Dukuh Plataran, Kecamatan Kalasan, Yogyakarta, yang menewaskan sejumlah Perwira dan Taruna sebagai pahlawan bangsa.
